MongoDBをJavaからアクセスしてみました。
ソースコードはこちら。

https://github.com/tfunato/java-samples/tree/master/sample-mongodb/

UnitTestの形式になっています。
以下のことをとりあえず試してみました。
・DBへの接続
・データのInsert
・コレクションの削除
・DBの削除
・カーソルをつかった検索
・簡単な条件付き検索
　　- OR条件
　　- 比較条件
　　- IN条件
　　- 配列のマッチ
　　- 要素数を条件とした物
　　- DISTINCT

http://www.mongodb.org/pages/viewpage.action?pageId=6029357
ここにあるクエリーの例は同じようなやりかたで、使えるとおもわれる。

ソースをみればわかると思いますが、簡単にアクセスして格納・取得できます。
難点はBasicDBObject.get(key)した際にObjectという曖昧な型が返ってくるので扱いが面倒なこと。
（わざわざキャストしないといけないので、動的型付けなLLの方が検索結果を扱いやすいと思う。Genericsを使えば少しはましになるかも。ただ、データの型を予め知っていないといけない。うーむ。）

ただ、いくつかのO/Rマッパーはいるようなので試してみたいと思う。